L'huître indigène et originelle des côtes françaises est Ostrea edulis, l'huître plate, appelée « gravette » sur le bassin d'Arcachon ou « belon » en Bretagne. Elle est aussi présente dans le delta du Rhône. Elle subsiste et est toujours produite, quoique très marginalement. Son déclin est dû à la présence d'un parasite : Bonamia ostreae[2]. La variété « pied-de-cheval » est la plus grosse, pesant 300 grammes en moyenne et pouvant atteindre 1,5 kg.
L'huître présente une anatomie caractéristique des lamellibranches. Le manteau constitue la structure la plus externe du corps mou de l'huître. Il correspond à la membrane qui se rétracte lorsqu'on la pique ou qu'on l'asperge de citron. Une grande partie de l'intérieur de l'huître est occupée par les branchies. Elles ont un rôle respiratoire, mais également nutritionnel. Un muscle adducteur important permet de contrôler l'ouverture de la coquille. C'est ce muscle qui maintient l'huître fermée et que l'on doit couper lors de l'ouverture de l'animal.
Elle est hermaphrodite cyclique. En effet, une année sur l'autre, elle sera tantôt femelle, tantôt mâle. Lorsque la température de l'eau dépasse 10 °C, elle produit ses gamètes qu'elle libère lorsque l'eau atteint une température proche de 18 °C. Une huître libère entre 20 et 100 millions d'ovules et encore plus de spermatozoïdes. Seules 10 % des larves formées atteindront l'âge adulte. L'huître creuse est ovipare et l'huître plate est vivipare.
Les huîtres ne vivent que dans de l'eau salée (contenant 30 à 32 grammes de sel par litre (g/l), voire moins) et se trouvent dans toutes les mers. L'étude des huîtres fossiles montre que de nombreuses espèces ont existé dans le passé et ont, comme leurs ancêtres, joué un rôle écologique et trophique important sur les plateaux continentaux, contribuant notamment au cycle du carbone et aux puits de carbone. La croissance des coquilles (via les stries de croissance) est une mémoire des fluctuations environnementales. Leur comportement (mouvements des valves, rythmes biologiques, croissance, date et heure de ponte) est utilisé pour suivre en temps quasi réel, et à distance, l'évolution de la qualité de l'eau sur les côtes.
